Ο Ευάγγελος Πρωτοπαπαδάκης είναι Καθηγητής Εφαρμοσμένης Ηθικής και Βιοηθικής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, Διευθυντής του Εργαστηρίου Εφαρμοσμένης Φιλοσοφίας του Ε.Κ.Π.Α., Μέλος της Επιτροπής Βιοηθικής και Δεοντολογίας του Ε.Κ.Π.Α., Πρόεδρος του Ελληνικού Κλιμακίου της Έδρας Βιοηθικής της UNESCO (Haifa) και Μέλος της Επιτροπής Βιοηθικής του Ελληνικού Ινστιτούτου Παστέρ.
Έχει διδάξει ως Επισκέπτης Καθηγητής στο Πανεπιστήμιο του Αννόβερο της Γερμανίας και του Νόβι Σαντ της Σερβίας.
Έχει δημοσιεύσει τέσσερις μονογραφίες στην ελληνική και μια στην αγγλική, και έχει επιμεληθεί την έκδοση δέκα συλλογικών έργων: τριών στην αγγλική, ενός στην σερβική, και έξι στην ελληνική.
Περισσότερα από εξήντα άρθρα του έχουν δημοσιευθεί σε ελληνικά και διεθνή επιστημονικά περιοδικά, συλλογικούς τόμους και πρακτικά συνεδρίων.
Είναι μέλος διαφόρων φιλοσοφικών εταιρειών της ημεδαπής και της αλλοδαπής.